中國科學院亞熱帶農業生態研究（TheInstituteofSubtropicalAgriculture,TheChineseAcademyofSciences.）的前身是中國科學院桃源農業現代化研究所，成立于1978年6月19日。1979年更名為中國科學院長沙農業現代化研究所。2002年5月，研究所整體進入中國科學院知識創新工程試點序列。2003年10月更名為中國科學院亞熱帶農業生態研究所。

  研究所學科方向為亞熱帶復合農業生態系統生態學，重點開展農業生態系統格局與過程調控、畜禽健康養殖與農牧系統調控技術和作物耐逆境分子生態學機理及其品種選育等三個方面的研究。