新化縣疾病預防控制中心始建于1956年，當初為新化縣衛生防疫站，2005年年末根據國家關于疾病預防控制與衛生監督體制改革精神，在縣委、政府及上級主管部門的正確領導下，新化縣疾病預防控制中心正式組建成立。